Strain & Genotype Data Description


SS-14BN/Mcwi

Genetic characteristics of the SS-14BN consomic strains studied.
Presented are the data from a total genome scan performed at a 20 cM interval. Chromosomes are shown in the first column. Genetic markers used are shown in the second column. The last column displays control DNA from BN, SS, and het rats. Other columns display the results for DNA from individual progenitors of the animals phenotyped and sent to CRL for distribution.
Table Legend:
BN: parental control DNA
SS: parental control DNA
HET: F1 Heterozygous DNA (from female)
1: Genotyping score given to BN homozygous markers
2: Genotyping score given to SS homozygous markers
3: Genotyping score given to heterozygous markers
-: Genotype missing

CHR

MARKER NAME

14464_1

14464_2

14464_3

14464_4

14464_5

14464_6

14464_7

14464_8

14464_9

14464_10

14464_11

14465_1

14465_2

14465_3

14465_4

14465_5

14465_6

14465_7

14465_8

14465_9

14465_10

14465_11

14465_12

BN

SS

SS_HET

1d1rat1672222--2222222--222222--12-
1d1rat2342222--2222222--22222222-2-
1d1rat26522222222222222222222222123
1d1rat47222222--22222--2222222212-
1d1rat7322222222222222222222222123
1d1rat8922222222222222222222222123
2d2rat11422222222222222222222222123
2d2rat1422222222--222--2222222212-
2d2rat2022--2222222222222222222123
2d2mit3522222222222222222222222-2-
2d2rat1492222222222222222222222212-
2d2rat6522222222222222222222222-2-
3d3mgh82222222222222222222222212-
3d3rat18922222222222222222222222123
3d3rat8622222222222222222222222123
3d3rat21722222222222222222222222123
3d3rat122222222222222222222222123
4d4rat22222222222222--2222222212-
4d4rat1422222222222222222222222-2-
4d4rat7522--2222222222222--22--123
4d4rat5622222222222222222222222-2-
4d4rat112----22--222222222--2222-2-
5d5mgh12222222222222--22222222123
5d5rat8422222222222222222222222123
5d5rat88222222222222222222222221-3
5d5mit522222222222222222222222123
5d5rat332222222222222222222222212-
5d5rat502222222222222--2222--22123
6d6rat6722222222222222222222222123
6d6rat9622222222222222222222222123
6d6rat1342222222222222222222222212-
6d6rat982222--2222222222222222212-
6d6mgh92222222222222222222222212-
6d6rat7522222222222222222222222123
7d7rat1132222222222222--2222222212-
7d7rat8322222222222222222222222123
7d7rat142222222222222--2222222212-
7d7rat942222222222222222222222212-
8d8rat56222222--222222222222222-23
8d8mit222222222--2222222222222123
8d8rat302222222222222--2222222212-
8d8rat8122222222222222222222222123
9d9rat882222222222222222222222212-
9d9rat30------22--2222222222222--3
9d9rat982222222222222--22222222-2-
9d9rat52222222222222--2222222212-
9d9rat108222222--222--2222--2222123
10d10rat9622222222222222222222222123
10d10rat7322222222222222222222222123
10d10rat1072222222222-222222222222123
10d10mgh422222222222222222222222123
10d10rat10522222222222222222222222123
11d11rat3222222222222222222222222123
11d11rat3422222222222222222222222123
11d11rat762222222222222--2222222212-
11d11rat2222222222--2--2222222222-23
12d12arb132222222222222222222222212-
12d12rat92222--222222222222222221--
12d12rat792222--222222222--2222---2-
12d12rat4922222222222222222222222123
13d13mgh1322222222222222222222222---
13d13rat88222222--22222222222--22123
13d13rat33222222--22-----2222222212-
13d13rat19222222222222222222222222123
14d14rat2411111111111111111111111--3
14d14rat211111111111111111111111112-
14d14rat94111111----1----1111111112-
14d14rat101111111111111--11111111123
15d15mit222222222222222222222222123
15d15rat1322222222222222222222222---
15d15mgh522222222222222222222222123
15d15rat2922--22--222222222222222-2-
16d16rat2122222222222222222222222123
16d16rat82222222222222--22222222123
16d16rat7222222222222222222222222123
16d16rat1422222222222222222222222123
17d17rat5322222222222222222222222123
17d17rat1122222222222222222222222123
17d17rat3622222222222222222222222123
17d17rat5222--2222222222222222222123
18d18rat1722222222222222222222222123
18d18rat502222222222222--22222222123
18d18rat10122222222222222222222222123
18d18mit1322222222222222222222222123
19d19rat3222222222222222222222222123
19d19rat2522--2222222222222222222123
19d19mit222222222222222222222222---
19d19rat6022222222222222222222222123
20d20rat4622222222222222222222222123
20d20mgh52222222222222--22222222123
20d20rat1022222222222222222222222123
20d20mgh1--22--22--22222--22222212-
21dxrat49222222----222222222222212-
21dxmgh82222222222222222222222212-
21dxrat662222--2222222222222222212-
21dxrat10422--2222222--2222----22-2-